La chiesa di San Giovanni Battista si trova all'interno del paese di San Giovanni Profiamma , situato lungo la strada statale Flaminia, a 4 Km da Foligno, sul luogo ove nel 218 a.C. era stata fondata la città romana di Forum Flaminii.

La chiesa ampiamente rimaneggiata conserva il fascino romanico delle sue origini ed è tra i siti storico-archeologici più preziosi della diocesi.
Dopo il terremoto del 26 settembre 1997 è stato completato il restauro dell'intero complesso con migliorie funzionali ed estetiche anche nel vero gioiello della chiesa di san Giovanni: la cripta. Questo ambiente è stato riportato alla struttura originale nel 2000 e inaugurato nella festa di san Giovanni Battista dal vescovo di Foligno; nei prossimi anni è previsto un vero e proprio restauro. Ben posizionato il ciborio della chiesa, calco in gesso di un preziosissimo manufatto dell' VIII secolo che si trova nel suo sito originale presso la chiesa di San Prospero a Perugia.

La chiesa di San Giovanni Battista fu costruita probabilmente intorno al 1231, in gran parte con materiale di spoglio ricavato da precedenti costruzioni. La facciata, preceduta da un piccolo spazio alberato, presenta un bel portale con doppia ghiera a rincassi.
All'imposta dell'arco capitelli con l'immagine del Papa scolpiti da Maestro Filippo nel 1231. L'interno presenta un'unica navata, ed ha il presbiterio sopraelevato con un ciborio di ricostruzione. Al di sotto una splendida cripta a tre navate con colonne provenienti da edifici romani e frammenti altomedioevali.